誰(shuí)也不曾想過(guò)，七十年前那期神秘的羅斯威爾事件，時(shí)至今日仍對(duì)全體人類產(chǎn)生著如此巨大的影響。并且鮮少有人窺見(jiàn)真相的全貌，即使它就在那里。某天，過(guò)著頹廢生活的前聯(lián)邦探員福克斯·穆德（大衛(wèi)·杜楚尼 David Duchovny 飾）以及他最為信賴的搭檔——正在某某教會(huì)醫(yī)院擔(dān)任醫(yī)師的丹娜·斯科莉（吉蓮·安德森 Gillian Anderson 飾）重新聚在一起。原來(lái)一檔旨在揭露政治黑幕節(jié)目的主持人找到他們，希望二人披露政客利用外星人來(lái)控制人類的真相。以此為契機(jī)，關(guān)閉已久的X檔案重新開啟。一度對(duì)各種離奇事件失去信心的穆德，在斯科莉的陪伴下重新踏上征程。 　　而這一路上，層層隱藏起來(lái)的真相以及人類可怕的未來(lái)，將相繼呈現(xiàn)在他們的眼前……